Sau khi Phùng Thái hoàng thái hậu qua đời, Hiếu Văn Đế không chỉ tiếp tục chiến dịch Hán hóa mà còn thực hiện nó một cách nghiêm túc hơn, thay đổi luật pháp và phong tục của chính quyền Bắc Ngụy để phù hợp với người Hán, đặc biệt là Khổng giáo. Ông tìm kiếm những người anh em họ của mẫu thân Lý phu nhân (huynh đệ ruột và phụ thân của Lý phu nhân đã bị xử tử trước đó) và ban cho họ các tước quan tương đối thấp, sau đó, ông lại rút lại các phần thưởng này. Vì thế, ông bị chỉ trích vì ông đã đối xử quá tử tế với gia tộc họ Phùng, trong khi lại không đối đãi xứng đáng với gia tộc họ Lý.

Năm 492, phù hợp với truyền thống khi thay đổi triều đại, Hiếu Văn Đế giáng cấp nhiều thân vương trong đất nước, theo đó thì ngoại trừ những người là hậu duệ của Đạo Vũ Đế, những người còn lại sẽ bị giáng xuống tước công, chỉ có hai ngoại lệ: Thượng Đảng vương Bạt Bạt Quan (拔拔觀) vẫn được giữa tước vương do có ông nội là Bạt Bạt Đạo Sinh (拔拔道生) đã có nhiều thành tích lớn lao cho vương triều; và một cựu thân vương của Lưu Tống là Đan Dương vương Lưu Xưởng, người này bị giáng làm Tề quận Khai Quốc hầu, song lại được ban một tước hiệu đặc biệt và không có quyền thừa kế là Tống vương.

Năm 493, Hiếu Văn Đế kết hôn với một người con gái của Phùng Hi là Phùng Thanh làm hoàng hậu.

Cũng vào năm 493, Hiếu Văn Đế lần đầu tiến hành chiến dịch chống Nam Tề, chiến dịch này được dự định là sẽ cho phép ông có thể dời đô từ Bình Thành về phía nam đến Lạc Dương, để tiếp tục chiến dịch Hán hóa của ông. Khi đến Lạc Dương vào cuối thu, ông ra lệnh tiếp tục tiến quân bất chấp mưa lớn, và sau đó, khi các quan Tiên Ti phản đối chiến dịch lại cố gắng một lần nữa để ngăn chặn ông, ông đề nghị một sự thỏa hiệp, theo đó kinh đô sẽ được chuyển về Lạc Dương và chiến dịch bị hủy bỏ, các quan đồng ý. Ông cũng giao phó các công việc thay đổi các lễ nhạc Tiên Ti sang lễ nhạc Hán cho Vương Túc (王肅), một người chỉ vừa mới đào thoát từ Nam Tề.

Năm 494, Hiếu Văn Đế trở lại Bình Thành, và vì một lý do nào đó, các cuộc thảo luận về việc dời đô về Lạc Dương lại nổ ra. Lúc này, phần lớn các quan Tiên Ti phản đối di dời, song Hiếu Văn Đế bác bỏ và tiếp tục di chuyển các bộ phận của triều đình đến Lạc Dương, nhưng vẫn duy trì một sự hiện diện khá đáng kể của triều đình tại Bình Thành, nơi này phục vụ như là một bồi đô. Để hạ bớt các lo lắng về việc dời đô từ Bình Thành về Lạc Dương sẽ gây ra tình trạng thiếu nguồn cung cấp ngựa và các gia súc khác, ông đã lệnh cho tướng Vũ Văn Phúc (宇文福) lập ra một mục trường rộng lớn tại Hà Dương (河陽, nay thuộc Tiêu Tác và Tân Hương, Hà Nam).